কেন্দ্রে মোট ২৩৫ জন বুদ্ধি, শ্রবণ ও দৃষ্টি প্রতিবন্ধী শিশুদের জন্যে পৃথক পৃথক আবাসিক ব্যবস্থা রয়েছে। সরকারি খরচে এদের খাবার, প্রসাধনী, পোষাক ও ঔষধ সরবরাহ করা হয়ে থাকে। এদের তত্ত্বাবধায়নের  জন্যে হাউজ প্যারেন্ট, মেট্রন ও  এটেনডেন্ট রয়েছেন।

জাতীয় বিশেষ শিক্ষা কেন্দ্রের প্রতিবন্ধী ছাত্রাবাসে বুদ্ধি প্রতিবন্ধী, বাক-শ্রবণ ও দৃষ্টি প্রতিবন্ধী  বিদ্যালয়ে অধ্যয়নরত প্রাথমিক শাখার নিম্নেবর্ণিত ছাত্রছাত্রীদের জন্য বিদ্যালয়ের মাধ্যমে ছাত্রাবাসের সীট বরাদ্দ প্রদান করা হয়। প্রতিবছর ডিসেম্বর মাসে শুন্য আসনের বিপরীতে সীট বরাদ্দ প্রদান করা হয়। ছাত্রাবাসসমূহের আসনসংখ্যা ও ভর্তিকৃত ছাত্রছাত্রীর সংখ্যা নিম্নে দেয়া হলো: